Ιδρυματικό Αποθετήριο
Πολυτεχνείο Κρήτης
Πολυτεχνείο Κρήτης
EN
|
EL
| URI | http://purl.tuc.gr/dl/dias/0FD55AC1-C9E0-4548-AC2A-7DBE50C763CC | - |
| Αναγνωριστικό | https://doi.org/10.1109/BIBE50027.2020.00024 | - |
| Αναγνωριστικό | https://ieeexplore.ieee.org/document/9288011 | - |
| Γλώσσα | en | - |
| Μέγεθος | 8 pages | en |
| Τίτλος | Exploring modern FPGA platforms for faster phylogeny reconstruction with RAxML | en |
| Δημιουργός | Malakonakis Pavlos | en |
| Δημιουργός | Μαλακωνακης Παυλος | el |
| Δημιουργός | Brokalakis Andreas | en |
| Δημιουργός | Μπροκαλακης Ανδρεας | el |
| Δημιουργός | Alachiotis Nikolaos | en |
| Δημιουργός | Αλαχιωτης Νικολαος | el |
| Δημιουργός | Sotiriadis Evripidis | en |
| Δημιουργός | Σωτηριαδης Ευριπιδης | el |
| Δημιουργός | Dollas Apostolos | en |
| Δημιουργός | Δολλας Αποστολος | el |
| Εκδότης | Institute of Electrical and Electronics Engineers | en |
| Περίληψη | The Phylogenetic Likelihood Function (PLF) is one of the cornerstone functions in most phylogenetic inference tools; its execution represents the majority of time required to complete an analysis. This work proposes the acceleration of this function using reconfigurable hardware accelerators, focusing on system-on-chips that integrate Field Programmable Gate Array (FPGA) resources as well as traditional High Performance Computing (HPC) systems that use FPGA-based accelerator cards. Taking into account the specific properties of each platform in order to exploit their processing capabilities, the proposed solutions provide significant performance gains. The measured acceleration of PLF function is up to 8x while the overall time to complete a phylogenetic analysis using the popular RAxML software can be reduced up to 3.2 times (with respect to a pure software implementation on a high-end server processor). Compared to other similar solutions proposed in literature, our systems perform up to 65% faster. | en |
| Τύπος | Δημοσίευση σε Συνέδριο | el |
| Τύπος | Conference Publication | en |
| Άδεια Χρήσης | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ | en |
| Ημερομηνία | 2022-01-07 | - |
| Ημερομηνία Δημοσίευσης | 2020 | - |
| Θεματική Κατηγορία | Phylogenetic inference | en |
| Θεματική Κατηγορία | Phylogenetic tree | en |
| Θεματική Κατηγορία | RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) | en |
| Θεματική Κατηγορία | PLF (Phylogenetic Likelihood Function) | en |
| Θεματική Κατηγορία | Phylogenetic likelihood | en |
| Θεματική Κατηγορία | FPGA (Field Programmable Gate Array) | en |
| Θεματική Κατηγορία | Reconfigurable hardware | en |
| Θεματική Κατηγορία | Amazon AWS F1 | en |
| Βιβλιογραφική Αναφορά | P. Malakonakis, A. Brokalakis, N. Alachiotis, E. Sotiriades and A. Dollas, "Exploring modern FPGA platforms for faster phylogeny reconstruction with RAxML," in BIBE 2020, pp. 97-104, doi: 10.1109/BIBE50027.2020.00024 | en |
Copyright © DIAS 2013
