Institutional Repository
Technical University of Crete
Technical University of Crete
EN
|
EL
| URI | http://purl.tuc.gr/dl/dias/76BB943F-439E-4F0E-B918-4B961F27353A | - |
| Identifier | https://doi.org/10.26233/heallink.tuc.86571 | - |
| Language | el | - |
| Extent | 85 σελίδες | el |
| Extent | 4.3 megabytes | en |
| Title | Επιτάχυνση της συνάρτησης φυλογενετικής πιθανοφάνειας με χρήση High Level Synthesis(HLS) σε απομακρυσμένες πλατφόρμες αναδιατασσόμενης λογικής(FPGA) | el |
| Title | Acceleration of the phylogenetic likelihood function using HLS on disaggregated FPGA platforms | en |
| Creator | Souflakis Emmanouil | en |
| Creator | Σουφλακης Εμμανουηλ | el |
| Contributor [Thesis Supervisor] | Dollas Apostolos | en |
| Contributor [Thesis Supervisor] | Δολλας Αποστολος | el |
| Contributor [Committee Member] | Zervakis Michail | en |
| Contributor [Committee Member] | Ζερβακης Μιχαηλ | el |
| Contributor [Committee Member] | Αλαχιώτης Νικόλαος | el |
| Publisher | Πολυτεχνείο Κρήτης | el |
| Publisher | Technical University of Crete | en |
| Academic Unit | Technical University of Crete::School of Electrical and Computer Engineering | en |
| Academic Unit | Πολυτεχνείο Κρήτης::Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών | el |
| Content Summary | Μια από τις μεγαλύτερες προκλήσεις του 21ου αιώνα αποτελεί η ραγδαία και συνεχόμενη αύξηση των δεδομένων. Πολλοί είναι οι τομείς της επιστήμης που αντιμετωπίζουν προβλήματα στη διαχείριση και επεξεργασία των υπέρογκων δεδομένων, με τη βιολογία να αποτελεί έναν από αυτούς. Αναλυτικότερα, η επεξεργασία φυλογενετικών αναλύσεων DNA είναι μία χρονοβόρα διαδικασία και ο χρόνος που απαιτείται για τη διεκπεραίωσή της είναι ανάλογος του αριθμού των αλληλουχιών DNA-είδη προς μελέτη. Όσο αυξάνονται οι αλληλουχίες DNA, τόσο αυξάνονται και οι υπολογισμοί που απαιτούνται, καθώς και ο χρόνος εκτέλεσης αυτών. Έτσι, οι δυνατότητες της βιολογίας περιορίζονται λόγω έλλειψης υπολογιστικής δύναμης. Ακόμη και με τη χρήση γρήγορων υπολογιστών σύγχρονης τεχνολογίας το πρόβλημα των υπέρογκων υπολογισμών παραμένει, με αποτέλεσμα οι υπάρχουσες πλατφόρμες (π.χ. Personal Computer PC) να κρίνονται ανεπαρκείς ως προς την εξοικονόμηση χρόνου. Στην παρούσα διπλωματική εργασία μελετάται η μέθοδος της μέγιστης πιθανοφάνειας που αποτελεί έναν απ’ τους αλγόριθμους για τη διεκπεραίωση φυλογενετικών αναλύσεων. Συγκεκριμένα, εξετάζεται η συμπεριφορά της μέγιστης πιθανοφάνειας , αρχικά, σε μια πλατφόρμα αναδιατασσόμενης λογικής (FPGA) και στη συνέχεια, σε περισσότερες απομακρυσμένες πλατφόρμες FPGA. Χρησιμοποιώντας τα οφέλη των FPGAs παρουσιάζεται η συμπεριφορά της μεθόδου της μέγιστης πιθανοφάνειας πάνω σε αρχιτεκτονική σχεδίαση ειδικού σκοπού. Έπειτα, πραγματοποιούνται προσεγγίσεις πλατφόρμων βασισμένες σε ένα πρότυπο κέντρου δεδομένων με απομακρυσμένους πόρους και FPGAs. Τέλος, η διπλωματική αυτή μελετά το πώς συμπεριφέρεται η επεκτασιμότητα (scalability) της αύξησης των αποκεντρωμένων FPGAs πάνω σε προσαρμοσμένη αρχιτεκτονική σχεδίαση με σκοπό την επιτάχυνση της μεθόδου της μέγιστης πιθανοφάνειας. | el |
| Type of Item | Διπλωματική Εργασία | el |
| Type of Item | Diploma Work | en |
| License | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ | en |
| Date of Item | 2020-09-01 | - |
| Date of Publication | 2020 | - |
| Subject | Αρχιτεκτονική υπολογιστών | el |
| Subject | Βιολογία, φυλογενετικές αναλύσεις | el |
| Bibliographic Citation | Εμμανουήλ Σουφλάκης, "Επιτάχυνση της συνάρτησης φυλογενετικής πιθανοφάνειας με χρήση High Level Synthesis(HLS) σε απομακρυσμένες πλατφόρμες αναδιατασσόμενης λογικής(FPGA)", Διπλωματική Εργασία, Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Πολυτεχνείο Κρήτης, Χανιά, Ελλάς, 2020 | el |
| Bibliographic Citation | Emmanouil Souflakis, "Acceleration of the phylogenetic likelihood function using HLS on disaggregated FPGA platforms", Diploma Work, School of Electrical and Computer Engineering, Technical University of Crete, Chania, Greece, 2020 | en |
Copyright © DIAS 2013
