Institutional Repository
Technical University of Crete
Technical University of Crete
EN
|
EL
| URI | http://purl.tuc.gr/dl/dias/0B3A5726-EAB9-43C3-94F1-A7610BACD3ED | - |
| Identifier | https://doi.org/10.26233/heallink.tuc.88974 | - |
| Language | el | - |
| Extent | 110 σελίδες | el |
| Extent | 7 megabytes | en |
| Title | Acceleration of data compression for the phylogenetic likelihood function using FPGA technology | en |
| Title | Επιτάχυνση συμπίεσης δεδομένων για τη φυλογενετική συνάρτηση πιθανοφάνειας με χρήση τεχνολογίας FPGA | el |
| Creator | Koutroulakis Efstratios | en |
| Creator | Κουτρουλακης Ευστρατιος | el |
| Contributor [Thesis Supervisor] | Dollas Apostolos | en |
| Contributor [Thesis Supervisor] | Δολλας Αποστολος | el |
| Contributor [Committee Member] | Zervakis Michail | en |
| Contributor [Committee Member] | Ζερβακης Μιχαηλ | el |
| Contributor [Committee Member] | Alachiotis Nikolaos | en |
| Contributor [Committee Member] | Αλαχιωτης Νικολαος | el |
| Publisher | Πολυτεχνείο Κρήτης | el |
| Publisher | Technical University of Crete | en |
| Academic Unit | Technical University of Crete::School of Electrical and Computer Engineering | en |
| Academic Unit | Πολυτεχνείο Κρήτης::Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών | el |
| Content Summary | Η ανάγκη του ανθρώπου να απαντήσει σε ερωτήματα για το πως κληρονομούνται τα διάφορα χαρακτηριστικά στους οργανισμούς, με ποιο τρόπο δημιουργείται η ποικιλομορφία που υπάρχει στη φύση, να ταξινομήσει τα διάφορα είδη με βάση κάποια κοινά χαρακτηριστικά κ.α. οδήγησαν στην ανάπτυξη του κλάδου της βιολογίας που ασχολείται με την εξέλιξη και τους μηχανισμούς της. Η μελέτη των μοριακών δεδομένων οδήγησε στην πιθανοτική εξέταση της εξέλιξης τους στο χρόνο όπως η μετάλλαξη κάποιας αλληλουχίαςDNAσε κάποια άλλη. Με αυτό το τρόπο παράγουμε υποθέσεις για τη πορεία της εξέλιξης των διαφορετικών οργανισμών με συγκεκριμένη πιθανότητα. Τα τελευταία χρόνια η εξέλιξη βιολογικών εργαστηριακών μεθόδων έχει οδηγήσει σε ραγδαία αύξηση των δεδομένων από μοριακές ακολουθίες. Το γεγονός αυτό αυξάνει τα διαθέσιμα δεδομένα που μπορούμε να επεξεργαστούμε για να βγάλουμε χρήσιμα συμπεράσματα. Ταυτόχρονα με τις δυνατότητες που ανοίγει η όλο και μεγαλύτερη συσσώρευση μοριακών δεδομένων δημιουργεί και μεγαλύτερες απαιτήσεις μνήμης για την επεξεργασία τους. Η εργασία εστιάζει στο πρόβλημα του μεγαλύτερου ρυθμού συσσώρευσης μοριακών δεδομένων προς επεξεργασία σε σχέση με το ρυθμό αύξησης της διαθέσιμης ποσότητας μνήμης. Μελετά τον υπολογισμό της συνάρτησης φυλογενετικής πιθανοφάνειας(Phylogenetic Likelihood Function-PLF),η οποία βασίζεται στο κριτήριο της μέγιστης πιθανοφάνειας. Με σκοπό τη μείωση των απαιτήσεων μνήμης σχεδιάζει κατάλληλο λογισμικό το οποίο διαχειρίζεται τους επανυπολογισμούς δεδομένων που απαιτούνται λόγω της αποθήκευσης ενός μόνο μέρους των δεδομένων στη μνήμη. Ακόμα σχεδιάζεται κατάλληλος επιταχυντής για την εκτέλεση των υπολογισμών μιας κλήσης της συνάρτησηςPLF. Για την υλοποίηση του επιταχυντή χρησιμοποιείται σαν αλγόριθμος αναφοράς ο αλγόριθμος που υλοποιείτο πρόγραμμα φυλογενετικών αναλύσεωνRAxMLενώ υλοποιείται και ένας επιπλέον επιταχυντής με δενδρική δομή βάθους μεγαλύτερη του ενός με σκοπό τη συμπίεση των δεδομένων που αποθηκεύονται στη μνήμη. Οι επιταχυντές είναι υλοποιημένοι σε αναδιατασσόμενη λογική(Field Programmable GateArray-FPGA). | el |
| Type of Item | Διπλωματική Εργασία | el |
| Type of Item | Diploma Work | en |
| License | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ | en |
| Date of Item | 2021-04-21 | - |
| Date of Publication | 2021 | - |
| Subject | Phylogenetic Analysis | en |
| Subject | RAxML | en |
| Subject | Accelerator | en |
| Subject | FPGA | en |
| Subject | Phylogenetic likelihood function | en |
| Subject | Time-memory trade-off | en |
| Bibliographic Citation | Ευστράτιος Κουτρουλάκης, "Επιτάχυνση συμπίεσης δεδομένων για τη φυλογενετική συνάρτηση πιθανοφάνειας με χρήση τεχνολογίας FPGA", Διπλωματική Εργασία, Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Πολυτεχνείο Κρήτης, Χανιά, Ελλάς, 2021 | el |
| Bibliographic Citation | Efstratios Koutroulakis, "Acceleration of data compression for the phylogenetic likelihood function using FPGA technology", Diploma Work, School of Electrical and Computer Engineering, Technical University of Crete, Chania, Greece, 2021 | en |
Copyright © DIAS 2013
