Ιδρυματικό Αποθετήριο
Πολυτεχνείο Κρήτης
Πολυτεχνείο Κρήτης
EN
|
EL
| URI | http://purl.tuc.gr/dl/dias/D0548287-BD72-4A1B-A12F-40FE85519E32 | - |
| Αναγνωριστικό | https://doi.org/10.1109/MM.2021.3075848 | - |
| Αναγνωριστικό | https://ieeexplore.ieee.org/document/9416903 | - |
| Γλώσσα | en | - |
| Μέγεθος | 7 pages | en |
| Τίτλος | Accelerating phylogenetics using FPGAs in the cloud | en |
| Δημιουργός | Alachiotis Nikolaos | en |
| Δημιουργός | Brokalakis Andreas | en |
| Δημιουργός | Μπροκαλακης Ανδρεας | el |
| Δημιουργός | Amourgianos-Lorentzos Vasileios | en |
| Δημιουργός | Αμουργιανος-Λορεντζος Βασιλειος | el |
| Δημιουργός | Ioannidis Sotirios | en |
| Δημιουργός | Ιωαννιδης Σωτηριος | el |
| Δημιουργός | Malakonakis Pavlos | en |
| Δημιουργός | Μαλακωνακης Παυλος | el |
| Δημιουργός | Bokalidis Anastasios | en |
| Δημιουργός | Μποκαλιδης Αναστασιος | el |
| Εκδότης | Institute of Electrical and Electronics Engineers | en |
| Περίληψη | Phylogenetics study the evolutionary history of organisms using an iterative process of creating and evaluating phylogenetic trees. This process is very computationally intensive; constructing a large phylogenetic tree requires hundreds to thousands of CPU hours. In this article, we describe an FPGA-based system that can be deployed on AWS EC2 F1 cloud instances to accelerate phylogenetic analyses by boosting performance of the phylogenetic likelihood function, i.e., a widely employed tree-evaluation function that accounts for up to 95% of the overall analysis time. We exploit domain-specific knowledge to reduce the amount of transferred data that limits overall system performance. Our proof-of-concept implementation reveals that the effective accelerator throughput nearly quadruples with optimized data movement, reaching up to 75% of its theoretical peak and nearly 10× faster processing than a CPU using AVX2 extensions. | en |
| Τύπος | Peer-Reviewed Journal Publication | en |
| Τύπος | Δημοσίευση σε Περιοδικό με Κριτές | el |
| Άδεια Χρήσης | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ | en |
| Ημερομηνία | 2022-11-01 | - |
| Ημερομηνία Δημοσίευσης | 2021 | - |
| Θεματική Κατηγορία | Phylogeny | en |
| Θεματική Κατηγορία | Topology | en |
| Θεματική Κατηγορία | Central Processing Unit | en |
| Θεματική Κατηγορία | Mathematical model | en |
| Θεματική Κατηγορία | Probability | en |
| Θεματική Κατηγορία | Field programmable gate arrays | en |
| Βιβλιογραφική Αναφορά | N. Alachiotis, A. Brokalakis, V. Amourgianos, S. Ioannidis, P. Malakonakis and T. Bokalidis, "Accelerating phylogenetics using FPGAs in the cloud," IEEE Micro, vol. 41, no. 4, pp. 24-30, 1 July-Aug. 2021, doi: 10.1109/MM.2021.3075848. | en |
Copyright © DIAS 2013
