Institutional Repository
Technical University of Crete
Technical University of Crete
EN
|
EL
| URI | http://purl.tuc.gr/dl/dias/40830D64-3D2D-44A8-8BAE-782DE527A485 | - |
| Identifier | https://doi.org/10.26233/heallink.tuc.66419 | - |
| Language | el | - |
| Extent | 1,7 megabytes | en |
| Title | Υλοποίηση αλγορίθμου μοριακής δυναμικής (molecular dynamics) σε αναδιατασσόμενη λογική | el |
| Title | Implementation of a molecular dynamics algorithm in reconfigurable logic | en |
| Creator | Malavazos Konstantinos | en |
| Creator | Μαλαβαζος Κωνσταντινος | el |
| Contributor [Thesis Supervisor] | Papaefstathiou Ioannis | en |
| Contributor [Thesis Supervisor] | Παπαευσταθιου Ιωαννης | el |
| Contributor [Committee Member] | Dollas Apostolos | en |
| Contributor [Committee Member] | Δολλας Αποστολος | el |
| Contributor [Committee Member] | Pnevmatikatos Dionysios | en |
| Contributor [Committee Member] | Πνευματικατος Διονυσιος | el |
| Publisher | Πολυτεχνείο Κρήτης | el |
| Publisher | Technical University of Crete | en |
| Academic Unit | Technical University of Crete::School of Electrical and Computer Engineering | en |
| Academic Unit | Πολυτεχνείο Κρήτης::Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών | el |
| Description | Προπτυχιακή Διπλωματική Εργασία που υποβλήθηκε στην σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Ηλεκτρονικών Υπολογιστών του Πολυτεχνείου Κρήτης για την πλήρωση προϋποθέσεων λήψης του Προπτυχιακού Διπλώματος. | el |
| Content Summary | Η συνεχής ανάπτυξη της επιστήμης των υπολογιστών τα τελευταία χρόνια έχει αλλάξει ριζικά τον τρόπο προσέγγισης των επιστημονικών προβλημάτων. Οι προσομοιώσεις σε υπολογιστή έχουν εξελιχθεί ως τον τρίτο πυλώνα της επιστήμης, γεφυρώνοντας το χάσμα ανάμεσα στην παραδοσιακές δύο διαδικασίες, θεωρία και πείραμα. Ένα τέτοιο παράδειγμα αποτελούν οι προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής. Η προσομοίωση Μοριακής Δυναμικής βασίζεται στον υπολογισμό διαφόρων δυνάμεων. Οι σημαντικότερες και πιο χρονοβόρες για τον υπολογισμό τους είναι οι long-ranged non-bonded forces. Στο παρελθόν έχουν γίνει διάφορες προσπάθειες επιτάχυνσης αυτού του κομματιού της προσομοίωσης. Η παρούσα διπλωματική εργασία στοχεύει να επιταχύνει την προσομοίωση Μοριακής Δυναμικής που προσφέρει το πακέτο NAMD 2.10 με την βοήθεια της τεχνολογίας των FPGAs. Το πακέτο αυτό προσφέρει από μόνο του ποικίλους τρόπους επιτάχυνσης της διαδικασίας, όπως με την βοήθεια του CHARM++ ή και μέσω GPU χρησιμοποιώντας CUDA. Για την επίτευξη του στόχου της διπλωματικής εργασίας αυτής χρειάστηκε η μετατροπή του κώδικα από CUDA σε C και έπειτα με την βοήθεια του εργαλείου Vivado HLS 2015.4 να δημιουργηθεί κώδικας περιγραφής υλικού κατάλληλος για την εκάστοτε επιθυμητή FPGA. Πιο συγκεκριμένα, ο πολυνηματικός κώδικας CUDA που υλοποιούσε τις δυνάμεις αυτές μετατράπηκε σε ένα μονονηματικό κώδικα C ώστε το εργαλείο Vivado HLS να τον δεχτεί. Έπειτα στο Vivado HLS 2015.4 υλοποιήθηκαν μια σειρά από διαφορετικές σχεδιάσεις πάνω σε συγκεκριμένη FPGA και χρησιμοποιήθηκαν μια σειρά από directives που παρέχει το εργαλείο και δημιουργούν βέλτιστο κώδικα περιγραφής υλικού. Τέλος, οι σχεδιάσεις δεν κατέβηκαν ποτέ πραγματικά σε FPGA αλλά έγιναν πάρα πολλές προσομοιώσεις του κώδικα με το εργαλείο. Τα αποτελέσματα έδειξαν πως το I/O δημιουργεί ιδιαίτερα προβλήματα και χωρίς αυτό το σύστημα μπορεί να πάρει μέχρι και 6,18x speedup σε σχέση με το Software με χρήση CHARM++, που εκτελέστηκε σε ένα σύστημα με CPU Intel Core i5-4690Κ (4 cores – 4 threads) στα 3.9 GHz και 8 GB RAM και λειτουργικό σύστημα Linux Ubuntu 15.04 64bit. | el |
| Type of Item | Διπλωματική Εργασία | el |
| Type of Item | Diploma Work | en |
| License | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ | en |
| Date of Item | 2016-09-21 | - |
| Date of Publication | 2016 | - |
| Subject | Hardware | en |
| Subject | CHARM++ | en |
| Subject | CUDA | en |
| Subject | Αναδιατασσόμενη λογική | el |
| Subject | Μοριακή δυναμική | el |
| Subject | Molecular dynamics | en |
| Subject | FPGA | en |
| Bibliographic Citation | Κωνσταντίνος Μαλαβάζος, "Υλοποίηση αλγορίθμου μοριακής δυναμικής (molecular dynamics) σε αναδιατασσόμενη λογική", Διπλωματική Εργασία, Σχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Πολυτεχνείο Κρήτης, Χανιά, Ελλάς, 2016 | el |
| Bibliographic Citation | Konstantinos Malavazos, "Implementation of a molecular dynamics algorithm in reconfigurable logic", Diploma Work, School of Electrical and Computer Engineering, Technical University of Crete, Chania, Greece, 2016 | en |
Copyright © DIAS 2013
